Desde ese cargo desarrolló un programa social que le atraería la adhesión de gran parte de la sociedad especialmente de los trabajadores. Ganó las elecciones presidenciales para el período 1946-1952.
En 1947 se organizó el Partido Peronista, de rígida verticalidad y sólida disciplina. En ese momento el país tenía condiciones económicas favorables para su desarrollo y contó con el apoyo de la Confederación General del Trabajo.
Tras haber reformado la Constitución fue electo para un segundo mandato. En septiembre de 1955 un golpe de Estado encabezado por el general Eduardo Lonardi forzó su dimisión. Comenzó entonces un largo exilio por distintos países. Durante todos esos años contó con la adhesión de los sindicatos y mantuvo su influencia en la política argentina apoyando a sus seguidores en su intento por alcanzar el poder.
Una vez que los peronistas, agrupados en el Frente Justicialista de Liberación, lograron la victoria de la candidatura de Héctor José Cámpora en las elecciones presidenciales de 1973, regresó a su país. Tras la renuncia de Cámpora fue nuevamente elegido presidente. Perón, es una de las figuras latinoamericanas más destacadas del siglo XX, que influyó decisivamente en la historia política de su país. Falleció el 1 de julio de 1974 en Buenos Aires.